7 czerwca 1997 roku, podczas VI pielgrzymki do Polski, Jan Paweł II konsekrował Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej w Zakopanem. Kościół został wzniesiony jako wotum dziękczynne za ocalenie życia papieża w zamachu 13 maja 1981 roku.

Jan Paweł II uratowanie życia przypisywał opiece Matki Boskiej Fatimskiej, strzały zamachowca padły bowiem w rocznicę objawień fatimskich, 13 maja. Kilka tygodni po zamachu papież ogłosił publicznie, że Matka Boża zmieniła bieg kul wystrzelonych w jego kierunku. Rok później – 13 maja 1982 – udał się do Fatimy z podziękowaniem za uratowanie.

W 1997 roku, podczas VI wizyty w ojczyźnie, papież kilka dni gościł na Podhalu, także odpoczywając. 7 czerwca przyjechał papamobile do sanktuarium w Zakopanem, owacyjnie witany na trasie przejazdu. W kaplicy fatimskiej kilkanaście minut modlił się w ciszy. W czasie Mszy świętej odprawianej z kardynałami: Franciszkiem Macharskim i Angelo Sodano oraz księdzem Mirosławem Drozdkiem, budowniczym kościoła, nazwał sanktuarium „wspaniałym pomnikiem żywej wiary mieszkańców Podhala”.

  – Wasze sanktuarium na Krzeptówkach jest mi w najszczególniejszy sposób bliskie i drogie. (…) Przybyłem do was, aby wam podziękować za waszą dobroć, pamięć i modlitwę, która tu trwa nadal – powiedział w homilii Jan Paweł II.

Po liturgii papież długo modlił się przed tabernakulum, zatopiony w kontemplacji.

Tego dnia Jan Paweł II spotkał się jeszcze z 500 dziećmi pierwszokomunijnymi z Polski i Słowacji w najstarszej parafii Zakopanego – pod wezwaniem Świętej Rodziny na Krupówkach. Parafia ta powstała w połowie XIX wieku, dzięki staraniom księdza Józefa Stolarczyka, nazwanego „apostołem Zakopanego”.

Ojciec Święty przebywał w Zakopanem od 4 do 7 czerwca. Podczas Mszy świętej pod Wielką Krokwią beatyfikował dwie siostry zakonne żyjące na przełomie XIX i XX wieku: Marię Bernardynę Jabłońską i Marię Karłowską. Nawiązując do krzyża na Giewoncie, apelował do Polaków, by nie wstydzili się wiary. W kościele Świętego Krzyża spotkał się z chorymi.

Papież odwiedził ukochane Tatry, wjechał kolejką na Kasprowy Wierch, dotarł nad Morskie Oko, przeleciał śmigłowcem nad górami. Wśród wielu wzruszających spotkań z papieżem, był występ dwustuosobowego chóru, utworzonego przez grajków i kapele z całego Podhala, który śpiewał Ojcu Świętemu życzenia: „Obyście nam, Ojcze, długo żyli i do wszystkich ludzi miłość mieli”. W 2005 roku, na wieść o śmierci Jana Pawła II, górale zebrani na zakopiańskich Krzeptówkach zaśpiewali papieżowi tę samą pieśń na pożegnanie.

Szósta wizyta papieska w Polsce trwała 11 dni, od 31 maja do 10 czerwca 1997 roku. Papież odwiedził 12 miejscowości: Wrocław, Legnicę, Gorzów Wielkopolski, Gniezno, Poznań, Kalisz, Częstochowę, Zakopane, Ludźmierz, Duklę, Krosno i Kraków.

IAR